Το Τμήμα Θεολογίας προσφέρει μεταπτυχιακό και διδακτορικό πρόγραμμα στη Θεολογία. Τα προγράμματα του Τμήματος προσφέρονται για απόφοιτους διαφόρων πεδίων και επιστημών, ενώ το μεταπτυχιακό προσφέρεται τόσο με φυσική παρουσία όσο και εξ αποστάσεως. Τα μαθήματα διδάσκονται από διακεκριμένους καθηγητές του Πανεπιστημίου Λευκωσίας, καθώς και από επισκέπτες καθηγητές άλλων συνεργαζόμενων πανεπιστημίων. Καθώς το Τμήμα θεωρεί την έρευνα ως τη βάση των προγραμμάτων που προσφέρει, διατηρεί συνεργασίες με άλλα ερευνητικά κέντρα και εκπαιδευτικά ιδρύματα και συμμετέχει σε ερευνητικές δραστηριότητες στην Κύπρο και το εξωτερικό. Οι τομείς έρευνας περιλαμβάνουν: Βιβλικές Σπουδές, Γενική Εκκλησιαστική Ιστορία και Ιστορία της Εκκλησίας της Κύπρου, της Ελλάδας, των Βαλκανίων, της Ρωσίας και των Πατριαρχείων, Ποιμαντική Θεολογία και Ιεραποστολική Εργασία, Σύγχρονη Κοινωνιολογία και Ηθική, Εκκλησιαστικό Δίκαιο –το οποίο περιλαμβάνει την εξέταση της σχέσης Εκκλησίας και Κράτους– καθώς και Λατρεία και Βυζαντινή Τέχνη.